Man bör skilja på åtgärdsprognoser och referensprognoser. En åtgärdsprognos är en prognos av vilka effekter en viss åtgärd får jämfört med en referenssituation. Åtgärden kan till exempel vara en infrastrukturinvestering, skatteändring, trafikutbudsförändring, lokalisering eller liknande. Åtgärdsprognoser har oftast relativit god precision.
En referensprognos förutspår utvecklingen av transporter och resande framåt i tiden, givet vissa förutsättningar som befolkning, bränslepriser och trafikutbud. Referensprognoser är mer osäkra än åtgärdsprognoser, eftersom det finns osäkerheter i de antagna förutsättningarna. Flera förutsättningar är svåra att förutspå (till exempel ekonomisk utveckling) och vissa beslutas med prognosresultatet som grund (exempelvis bränsleskatter). Flera studier har dragit slutsatsen att när referensprognoser slår fel förklaras det ofta av att de antagna förutsättningarna inte blivit som man antagit. Det beror i sin tur ofta på att politiken och planeringen har förändrats just på grund av prognosresultaten, och då stämmer förstås inte prognosen längre. Till exempel har bränsleskatterna höjts mer under 2000-talet än vad som antogs i de prognoser som gjordes under tidigt 2000-tal, vilket gjort att biltrafiken inte ökat lika snabbt som prognoserat (även om skillnaden är relativt liten). Samtidigt har dessa prognosresultat sannolikt varit en bidragande orsak till bränsleskattehöjningarna, så prognoserna har fungerat just som avsett: de visade en utveckling som inte var politiskt önskvärd, och sedan har politiker beslutat om styrmedel och åtgärder för att motverka den prognoserade utvecklingen. Att prognosen därmed blir ”fel” är alltså som det ska vara.
Vad gäller järnvägstrafiken har resandet med fjärrtåg ökat ungefär som prognoserna visat, medan regionaltågsresandet ökat snabbare än prognoserat. Det beror sannolikt på att de regionala kollektivtrafikhuvudmännen kraftigt har ökat sitt trafikutbud, vilket inte antogs när prognoserna gjordes. Även i detta fall är det möjligt att prognoserna spelat en roll för besluten att utöka trafiken, men det är svårt att veta.
Prognoserna innehåller heller inte de konjunkturvariationer som finns i verkligheten. Det innebär att även om en långsiktig prognos är korrekt i genomsnitt, så kommer verkligheten att slingra sig som en orm kring trenden. Beroende på när i en konjunkturcykel man jämför prognos och utfall så kommer därför prognosen avvika uppåt eller nedåt från verkligheten.
Flera studier har visat att rangordningen av vilka åtgärder som är ”bäst”, i meningen att de ger mest nytta för pengarna, är förvånansvärt robust med avseende på osäkerheter i referensprognosen. Även om antagandena i referensprognosen visar sig vara fel i viss utsträckning, så kan man alltså ändå ofta lita på analysen av vilka åtgärder som ger mest samhällsnytta.
